三层物质理论（Shong 论）
智能气功科学认为，宇宙中有三种存在形式：实体物质、能量和信息。实体物质指原子层次及以上的存在。能量一词沿用现代科学的含义，包括声、光、电、磁、热、引力和辐射。第三种是信息，指事物全部的时空特性。
在智能气功科学中，「信息」的含义不同于通常用法，指的是时空结构。万物各有自身的信息，也就是各自完整的时空结构。信息分为自然信息和意识信息，意识信息又有常态智能信息和超常智能信息之分。一切生命的信息都由先天信息和后天获得的信息共同构成。练功时，我们主要通过意元体接收信息，借此认识宇宙和人体生命活动的规律；也通过发放信息，有意识地提升个人乃至全人类的生命活动层次。
1990年代初，庞鹤鸣老师开设讲座，并在《混元整体理论》中作了详细阐述，提出物质具有实体物质、能量和信息三个层次的假说。他认识到，要把气功提高到科学的层次，就需要开展气功科研，因此鼓励全国各地的智能气功练习者做外气实验。1992年至1997年，华夏中心每年举办一次研讨会，共收到4,224篇研究论文，涉及农业、医学、工业、林业、渔业、教育等领域。其间，庞鹤鸣老师在华夏中心设立科研部，为来自全国各地的科学家和专业人员开班授课。1996年，华夏中心开始进行将混元气转化为光、电、磁、热等的实验。
2003年，庞鹤鸣老师以“Shong”一词命名这一三层物质理论。此后，中国各地持续开展智能气功科研。2016年六月，上海安排举办三层物质理论国际研讨会。
三层物质理论（Shong 论）：关于宇宙物质三层次的假说
（简本）庞鹤鸣老师撰于北京，2015年十月。
三层物质理论认为，宇宙由三个层次的物质构成，物质结构也分为以下三个层次：
第一层次是实体物质层。这一层次的物质具有物理、化学特性，范围从原子层次到宏观物体乃至人体。它是以质量为构成基础的客观存在形式，能量和信息寓于质量之中。
第二层次是场，也就是能量层，如电场、磁场、引力场等。这是以能量为构成基础的客观存在形式，质量和信息寓于能量之中，其中质量处于隐态。现代科学对前两个层次已有深入认识，但还有许多问题有待探索，尤其是生命之谜。多年探索尚无定论，不少研究者仍在探寻亚量子世界。玻姆的“隐缠序”理论、格林的超弦理论、欧文·拉兹洛的“全息隐能场”（阿卡莎场）理论、英国超医学学会提出的“超场”，以及谢尔德雷克的“形态发生场”，都是尝试解答这一问题的例子。
第三层次是信息层。该理论认为，宇宙中还有第三种层次的客观存在，即混元整体信息层，今天的人类还没有认识到这一层次。它是以混元整体信息，即时空结构，为构成基础的客观存在形式，质量和能量在其中都处于隐态。这一层次的物质不显现能量和质量的特性，但在一定条件下可以转化为或产生各种能量，甚至形成有质量的物质；反过来，能量和有质量的物质在一定条件下也能转化为这一层次的物质。这一层次兼容上述两个物质层次，内部又可分为以下几个层次：
- 原始混元气。这是宇宙中最基本的物质状态，可以说是第三层次物质的自然状态。宇宙万物皆由此化生，万物生成之后，它又成为万物存在的背景和变化的动力。这一层次由最简单、最细微的物质构成，不可再分。其中无所分别，呈现「一即一切，一切即一」的状态。宇宙万物皆为它所容纳，也在其中发生转化。它是其他层次混元时空结构的「材料」。
- 万物的混元气。每一种物质都有体现其基本特性的混元气。实体物质是混元气凝聚而成的状态，物体周围还有较稀疏的气，内部则仍有流动的混元气。
- 人体混元气。可分为：
- 形体混元气。
- 脏腑混元气，用以维持生命活动。
- 意元体是意识的本体，是具有主动性和选择性的混元气，具备反映、自我反映和记忆的功能。它是物质第三层次中最高的一个子层次，也是其核心和最宝贵的部分。它与第一个子层次的「原始混元气」相似，古人以「天人合一」来理解这种关系。
三层物质理论认为，三个层次的物质可以相互转化。第三层次的气可以聚为第二层次的能量，第二层次的能量又可以聚为第一层次的实体物质；实体物质也可以散为第二层次的能量和第三层次的气。这一过程可以自然发生，也可以借助超常智能技术，即运用意念来实现。三层物质理论认为，人的超常智能技术可以把混元气转化为不同形式的能量和有质量的物质，也可以调动混元气与万物相互作用，使事物按预期发生变化。普通人的意元体，也就是第三层次的第三个子层次，都有程度不一、类型各异的「超常功能」，可以通过特定的训练和学习加以增强。
乍看之下，第三层次的各个子层次差异很大，但这些差异只存在于第三层次内部，正如古人所说的「不一不异」。从第三层次内部看，各子层次各有其独特之处；从第一、第二层次的特性来看，各子层次又具有同一性。
三层物质理论假说试图解释宇宙和物质结构之谜，也试图阐明人的特性和意识的本质。2014年六月，中国科学院第17次学术会议提出，物质结构、宇宙演化、生命起源和意识本质是前沿研究领域。尤其是意元体理论假说，试图用人的自身功能来解释各种特异功能、国外所谓的“心理学”（psychology），以及历史上记录的种种神秘现象。按这一理论，这些能力属于人自身，并非来自神灵。三层物质理论关心的是当代人怎样认识人的本质，怎样真正认识自己、获得自觉，最终实现自我。